由于養殖中的剩余殘餌和養殖生物排泄物等大部分以懸浮態大顆粒形式存在，因此采用物理過濾技術去除是最為快捷、經濟的方法。常用的有機械、壓力、沙濾器等。在實際處理工程中，機械(微濾機)是應用較多、過濾效果較好的方式。沸石過濾器兼有過濾與吸附功能，不僅可以去除懸浮物，同時又可以通過吸附作用有效去除重金屬、氨氮等溶解態污染物。

       過濾裝置是從傳統的砂濾池不斷發展起來的，其基本原理是阻隔吸附作用。在處理水產養殖水體中，用砂濾池能很好地去除SS，但是去除N和P效果不佳;改用斜發沸石去可以吸附一定量的氨。Palacios等在砂濾床種植植物，控制滲透率和干濕循環時間，在水力負荷為3.5 cm/d，去除93%總磷;在處理鮭魚養殖中，其水力負荷分別為1.35、25、80~240和2000~2700 cm/d，SS去除效果差異性不大。 

       對于機械過濾裝置，美國開發的一種筒狀的，筒體四周附有，筒體置于水中工作時，部分浸沒在水中，從開口端流入筒內，污物被留在網上，過濾過的水又回流到池中，而污物被噴頭沖到漏斗內而排出。瑞典一種高度為3140~4725mm，直徑900~1910 mm的在工作時，污水由裝置的下部經過中心管和吸附污物的砂混合在一起，由升液器上升到裝置上部，在此分離，污物清除后，經管道流入，沙子靠錐形分解器的作用均勻降下，上升的水和下降的沙相遇，這樣，水被凈化后從另一根管道放回到魚池。日本有一種，其工作原理是水泵將池水吸上后，經噴灑管噴入過濾池，過濾池內一層小顆粒沸石和一個特制過濾器，過濾后的水流回養魚池。