濕地生態系統
        用自然生物處理水產養殖水體主要有濕地、穩定塘和土地處理系統等，其優點是處理含氮和磷的水體，能達到比較徹底的處理效果。
        人工濕地具有一定的污水處理能力，對氮、磷有機物懸浮物等的去除有良好的效果，人工濕地凈化工農業已有大量研究，近年來，用人工濕地處理水產養殖取得一定進展。非集約化水產養殖的自然水域本身是一個典型濕地系統，具有良好的自凈能力，只要合理利用和加強其自凈能力，會有良好的環境效應和經濟效應;Kruzie等綜合土地處理\濕地\池塘\水生植物系統進行水產養殖水體循環。Wood等利用人工濕地系統處理水體，濕地系統中藻類密度高，在地表水利負荷13.5cm/d時，COD的去除率59.2%、NH+4-N為34.6%、PO-4-P-為31.9%和SS為78%;如果水力停留時間在3 d，則COD的去除率79.4%、NH+4-N為82.8%、PO3-4-P為54.1%、蛋白質產率50 t/hm2.a。Lin等[27]用人工濕地處理水產養殖水體，在水力負荷為1.8~13.5 cm/d之間，則NH+4-N去除率為86%~98%，總無機氮(TIN)為95%~98%，磷的去除為32%~71%，出水NH+4-N濃度< 0.3 mg/L，NO-2-N< 0.01 mg/L。對于鹽度高的水體，用耐鹽性植物種植在沙性濕地上，可去除養殖水體中98%的總氮、94%的無機氮、99%的總磷和97%的溶解態磷。
        魚塘水生生態系統
        魚塘水生生態系統本身有很強的凈污能力，在水產養殖水體的處理中完全可以利用魚塘對污染物的凈化能力來凈化污水。養殖水體的綜合利用主要是用池塘的自凈能力和魚類生理特性，如充氧、魚藻共生系統、魚類白天和晚上不同活動時間混養、耐污能力不同魚類混養和對魚類生理修正。Kirke從曝氣方面進行了研究，對魚塘采用風力曝氣;Logsdon從改變水生植物結構著手，利用浮萍對氮和磷的吸收(1 km2的浮萍能吸收約802 kg氮和146kg的磷)和對重金屬的累積能力處理水產養殖水體。Wang用雙殼類去除藻類，沉降法去除懸浮物，通過蝦塘、蠔形成水的循環利用。Umble等用魚塘處理污水二級處理出水，利用二級處理出水提供的營養，調節營養比例(N∶P在16~23)，使得水生植物繁殖，作為魚類的食料。養殖水體的綜合利用的安全是人們關心的問題，Adamsson等進行的研究結果表明，只要投加飼料成分恰當，影響不大，但從保守的觀點來說，有待于進一步證實。