第一章 總 則
第一條 為加強和規范保稅區檢驗檢疫監督管理工作，促進國家經濟貿易的快速健康發展，根據《中華人民共和國進出口商品檢驗法》及其實施條例、《中華人民共和國進出境動植物檢疫法》及其實施條例、《中華人民共和國國境衛生檢疫法》及其實施細則、《中華人民共和國食品衛生法》及其他有關法律法規，制定本辦法。
第二條 本辦法適用于對進出保稅區，法律法規規定應當實施檢驗檢疫的貨物及其包裝物、鋪墊材料、運輸工具、集裝箱（以下簡稱應檢物）的檢驗檢疫及監督管理工作。
第三條 國家質量監督檢驗檢疫總局（以下簡稱國家質檢總局）統一管理全國保稅區的檢驗檢疫監督管理工作。國家質檢總局設在保稅區的出入境檢驗檢疫機構（以下簡稱檢驗檢疫機構），對進出保稅區的應檢物實施檢驗檢疫和監督管理。
第四條 進出保稅區的應檢物需要辦理檢驗檢疫審批手續的，應當按照檢驗檢疫法律法規的規定辦理審批手續。
第五條 應檢物進出保稅區時，收發貨人（貨主）或者其代理人應當按照國家質檢總局有關規定向檢驗檢疫機構辦理報檢手續，檢驗檢疫機構按照國家有關法律、法規、規章以及國家質檢總局的規定實施檢驗檢疫，海關憑檢驗檢疫機構簽發的貨物通關證明驗放。
第六條 檢驗檢疫機構應當加強與海關的配合和協作，并按照簡便、有效的原則對進出保稅區的應檢物實施檢驗檢疫。
第二章 輸入保稅區應檢物的檢驗檢疫
第七條　從境外進入保稅區的應檢物，屬于衛生檢疫范圍的，由檢驗檢疫機構實施衛生檢疫；應當實施衛生處理的，由檢驗檢疫機構進行衛生處理。
第八條　從境外進入保稅區的應檢物，屬于動植物檢疫范圍的，由檢驗檢疫機構實施動植物檢疫，應當實施動植物檢疫除害處理的，在檢驗檢疫機構的監督下，依法進行除害處理。
第九條　檢驗檢疫機構對從境外進入保稅區的可以用作原料的固體廢物、舊機電產品、成套設備實施檢驗和監管，對外商投資財產按照有關規定進行價值鑒定，對未辦理通關手續的貨物不實施檢驗。
第十條　保稅區內企業從境外進入保稅區的倉儲物流貨物以及自用的辦公用品、出口加工所需原材料、零部件免予實施強制性產品認證。
第十一條　應檢物從中華人民共和國境內非保稅區（不含港澳臺地區，以下簡稱非保稅區）進入保稅區時，不需要辦理海關通關手續的，檢驗檢疫機構不實施檢驗檢疫；需要辦理海關通關手續的，檢驗檢疫機構應當按照規定對應檢物實施檢驗檢疫。
第三章 輸出保稅區應檢物的檢驗檢疫
第十二條　從保稅區輸往境外的應檢物，檢驗檢疫機構依法實施檢驗檢疫。
第十三條 從保稅區輸往非保稅區的應檢物，除法律法規另有規定的，不實施檢疫。
第十四條　從保稅區輸往非保稅區的應檢物，屬于實施食品衛生監督檢驗和商品檢驗范圍的，檢驗檢疫機構實施檢驗。對于集中入境分批出區的貨物，可以分批報檢，分批檢驗；符合條件的，可以于入境時集中報檢，集中檢驗，經檢驗合格的出區時分批核銷。
第十五條　按照本辦法第九條的規定在入境時已經實施檢驗的保稅區內的貨物，輸往非保稅區的，不實施檢驗。
按照本辦法第十一條的規定，從非保稅區進入保稅區的貨物，又輸往非保稅區的，不實施檢驗。
第十六條　從保稅區輸往非保稅區的應檢物，列入強制性產品認證目錄的，應當提供相應的認證證書，其產品上應當加貼強制性產品認證標志。
第十七條　從保稅區輸往非保稅區的預包裝食品和化妝品，應當向檢驗檢疫機構申請辦理標簽審核手續。
第十八條　從非保稅區進入保稅區后不經加工直接出境的，保稅區檢驗檢疫機構憑產地檢驗檢疫機構簽發的檢驗檢疫合格證明換證放行，不再實施檢驗檢疫。超過檢驗檢疫有效期、變更輸入國家或地區并又有不同檢驗檢疫要求、改換包裝或重新拼裝、已撤銷報檢的，應當按規定重新報檢。
第十九條 保稅區內企業加工出境產品，符合有關規定的，可以向檢驗檢疫機構申請簽發普惠制原產地證書或者一般原產地證書、區域性優惠原產地證書、專用原產地證書等。
第四章　經保稅區轉口的應檢物的檢驗檢疫
第二十條 經保稅區轉口的動植物、動植物產品和其他檢疫物，入境報檢時應當提供輸出國家或地區政府部門出具的官方檢疫證書；轉口動物應同時提供國家質檢總局簽發的《動物過境許可證》和輸入國家或地區政府部門簽發的允許進境的證明；轉口轉基因產品應同時提供國家質檢總局簽發的《轉基因產品過境轉移許可證》。
第二十一條　經保稅區轉口的應檢物，在保稅區短暫倉儲，原包裝轉口出境并且包裝密封狀況良好，無破損、撒漏的，入境時僅實施外包裝檢疫，必要時進行防疫消毒處理。
第二十二條　經保稅區轉口的應檢物，由于包裝不良以及在保稅區內經分級、挑選、刷貼標簽、改換包裝形式等簡單加工的原因，轉口出境的，檢驗檢疫機構實施衛生檢疫、動植物檢疫以及食品衛生檢驗。
第二十三條　轉口應檢物出境時，除法律法規另有規定和輸入國家或地區政府要求入境時出具我國檢驗檢疫機構簽發的檢疫證書或檢疫處理證書的以外，一般不再實施檢疫和檢疫處理。
第五章 監督管理
第二十四條 保稅區內設立的進出口加工、國際貿易、國際物流以及進出口商品展示企業，應向檢驗檢疫機構申請備案。
第二十五條 保稅區內從事加工、儲存出入境動植物產品的企業應當符合有關檢驗檢疫規定。
第二十六條 保稅區內從事加工、儲存出境食品的企業應辦理出口食品生產企業衛生注冊登記，輸入國家或地區另有要求的，還應符合輸入國家或地區的要求；加工、存儲入境食品的企業應當按照食品企業通用衛生規范要求接受檢驗檢疫機構的監督管理。
第二十七條 保稅區內設立檢驗檢疫查驗場地以及檢疫熏蒸、消毒處理場所應當符合檢驗檢疫有關要求。
第二十八條 檢驗檢疫機構按照有關法律法規規定對保稅區實施疫情監測,對進出保稅區的動植物及其產品的生產、加工、存放和調離過程實施檢疫監督。
第二十九條 保稅區內企業之間銷售、轉移進出口應檢物，免予實施檢驗檢疫，
第三十條　入境動植物及其產品已經辦理檢疫審批的，需要變更審批事項的，應當申請變更檢疫審批手續。
第六章 附則
第三十一條 保稅倉庫、保稅物流園區等區域的檢驗檢疫和監督管理參照本辦法執行。
第三十二條 對違反本辦法規定的行為，檢驗檢疫機構依照有關法律法規規定予以行政處罰。
第三十三條 本辦法由國家質檢總局負責解釋。
第三十四條 本辦法自2005年3月1日起施行。原中華人民共和國動植物檢驗局1998年4月10日發布的《保稅區動植物檢疫管理辦法》同時廢止。