思想認識不到位，全員參與程度不高。主要表現為一些企業管理層及員工對體系建設意義認識不深刻，對體系文件理解不透徹，對體系運行監管不嚴格，致使政令不暢、執行不力，體系運行情況不佳，持續改進效果不太理想。
　　文件編寫脫離實際，對工作指導作用不大。一些企業的體系文件框架雖然已構建起來，對工作流程、崗位職責、應急響應等環節進行了規范要求，但從體系運行效果來看，存有職責界定不具體、管理權限不清晰、規章制度可操作性不強等問題，導致標準文件執行效果不夠理想，體系運行存在偏差，標準化、規范化管理水平較低。
內容更新不及時，缺乏動態管理意識。職業健康安全管理體系是自我監督、自我發現、自我完善的動態科學管理體系。企業只有根據實際，及時更新，才能確保體系得到持續改進。企業若缺乏動態管理意識，機械地更換日期而不變更內容，就會影響體系的運行質量。
　　對內審人員管理不到位，缺乏行之有效的激勵機制。主要表現在一些企業的內審人員素質參差不齊，內審隊伍不穩定，人員更換頻繁，缺乏對內審工作的績效考核，或考核內容不切實際，致使內審人員工作積極性不高。
推進職業健康安全管理體系持續有效運行的具體措施
    強化培訓，提高認識，深入做好職業健康安全管理體系的宣傳貫徹工作。一是加強全員體系文件培訓。多年來，一些煙草企業已形成了固有的安全管理運行模式，員工也形成了慣性思維。在管理科學、理論嚴謹的職業健康安全管理體系面前，員工務必要轉變觀念，打破思維定式，消除疑慮，增強信心，全力推進體系的宣貫工作。同時，企業要通過體系內審、管理評審及外部監審的機會，加強體系實踐培訓，提高全員對體系的認識與理解。二是強化重點崗位人員專業技能培訓。對與職業健康安全管理體系直接相關的崗位人員、特殊工種，如保管員、駕駛員、保安、電工等，要開展有針對性的培訓。每次培訓都要有詳細的培訓方案，嚴格按方案組織實施，并采取口試、筆試、實際操作等多種形式對培訓效果進行檢驗，以達到提高重點崗位人員專業技能水平的目的。
    深入調研，精心策劃，認真做好職業健康安全管理體系文件的日常管理工作。文件是保證體系有效運行、控制職業健康安全風險、持續改進體系績效必不可少的依據，是體系運行的前提和基礎。如果企業的管理體系文件不準確、不完善，則有可能造成體系運行失效，或使體系運行工作成本增加，影響體系的實施效果。因此，企業務必要把體系文件管理放在重要位置，認真做好日常管理工作。同時，企業要充分結合自身實際，對企業規模、危害因素、技術工藝、職工素質等進行科學細致的分析，建立易于執行、務實高效的文件體系構架。在體系框架建設中，企業決不能偏信咨詢機構，好高騖遠，務必要沉下心、躬下身，深入摸索，細化文件編訂基礎工作，強化文件修訂評審工作，建立起一套簡潔高效的管理體系文件。
    狠抓落實，強化監管，全面做好職業健康安全管理體系的運行控制。運行控制是組織按照體系目標、指標及有關程序控制管理體系運轉的一種有效方式，它嚴格規定了體系運行與企業活動的行為標準，是企業消除隱患、避免事故、保證體系持續有效運行的關鍵。抓好體系運行管理，務必要有的放矢、突出重點，努力做好以下兩點工作：
    一是做好危險源辨識、評價，強化風險控制。危險源是職業健康安全管理體系的核心，危險源辨識、評價是職業健康安全管理體系其他各要素的管理依據。企業首先要嚴格按照危險源辨識、風險評價工作程序，細化作業活動和場所。其次要確定各作業活動及場所的危險源。危險源辨識過程中，企業要堅持“橫向到邊、縱向到底、不留死角”的原則，辨識范圍要覆蓋組織設計、生產、銷售的全過程，要考慮到作業場所中的所有人員、所有活動、所有設施。再次要對風險進行定性或定量評價，確定風險的危險、危害程度，制定控制措施。另外，要強化危險源的動態管理，做好危險源辨識與評價更新工作。
　　二是加大檢查力度，認真落實整改，不斷提高體系運行績效。企業要通過檢查、監督等管理手段，以及檢測、檢驗等技術手段，對體系運行中的各種特性進行常規或非常規的監控。對于商業企業而言，要著重對卷煙倉庫、配電室、打碼間、車輛、鍋爐等進行隱患排查，強化安全檢查力度和頻率，加強警衛管理，增加警衛數量、增設巡邏點位、增置警戒器具，使“人防”與“技防”緊密結合，確保企業各項經營活動安全運行。
    全面考核，績效管理，認真抓好職業健康安全管理體系內審隊伍建設。職業健康安全管理體系內審員是管理層與基層溝通的紐帶，是體系持續運行的監管者，是第三方監督審核的聯絡員，在整個體系運行中起著關鍵作用。因此，提升體系內審員的綜合素質，加強體系內審隊伍建設，是確保體系持續有效運行的重要環節。企業要建立起一整套內審員培訓計劃與方案，使之深入理解體系文件，了解安全生產相關法律、法規，熟悉本單位的管理機制和安全管理基本情況，具備豐富的專業知識、過硬的管理技能和良好的溝通協調能力。同時，企業還要對內審員加強考核，實行績效管理，從而激發內審員參與體系建設的熱情，使其真正以優化體系管理為己任，促進企業綜合管理水平不斷提升。