職業安全健康管理體系認證的程序包括下述步驟：認證申請及受理；審核策劃及審核準備；審核的實施；糾正措施的跟蹤與驗證；審批發證；認證后的監督審核和證書期滿后的復評審核。各步驟的具體內容如下：

　　1．認證申請及受理

　　(1)申請：申請認證的組織以書面形式向認證機構提出申請，并向認證機構遞交以下材料：

　　a．申請認證的范圍；

　　b．申請方同意遵守認證要求，提供審核所必要的信息；

　　c．申請方一般簡況；

　　d．申請方安全情況簡介，包括近兩年中的事故發生情況；

　　e．申請方職業健康安全管理體系的運行情況；

　　f．申請方對擬認證體系所適用標準或其他引用文件的說明；

　　g．申請方職業健康安全管理體系文件。

　　(2)受理：認證機構在接到申請認證單位的有效文件后，對其申請進行受理，申請受理的一般條件是：

　　a．申請方具有法人資格，持有有關登記注冊證明，具備二級或委托方法人資格也可；

　　b．申請方應按職業健康安全管理體系標準建立了文件化的職業健康安全管理體系；

　　c．申請方的職業健康安全管理體系已按文件的要求有效運行，并至少已做過一次完整的內審及管理評審；

　　d．申請方的職業健康安全管理體系有效運行，一般應將全部要素運行一遍，并至少有3個月的運行記錄。

　　(3)合同評審并簽定合同：認證機構應就申請方提出的條件和要求進行評審，確保：

　　a．認證機構的各項要求規定明確，形成文件并得到理解；

　　b．認證機構與申請方之間在理解上的差異得到充分的理解；

　　C．針對申請方申請的認證范圍、運作場所及某些要求(如申請方使用的語言、申請方認證范圍內所涉及的專業等)，對本機構的認可業務是否包含申請方的專業領域進行自我評審，若認證機構有能力實施對申請方的認證，雙方則可簽訂認證合同。

　　2．審核策劃和準備

　　主要包括確定審核范圍、指定審核組長并組成審核組、制定審核計劃以及準備審核工作文件等工作內容。

　　審核工作文件主要包括：審核計劃、審核檢查表、首末次會議簽到表、審核記錄、不符合報告、審核報告。

　　3．審核的實施

　　職業健康安全管理體系認證審核通常分為兩個階段，即第一階段審核和第二階段現場審核。第一階段審核又由文件審核和第一階段現場審核兩部分組成。

　　(1)文件審核：文件審核的目的是了解受審核方的職業健康安全管理體系文件(主要是管理手冊和程序文件)是否符合職業健康安全管理體系審核標準的要求，從而確定是否進行現場審核，同時通過文件審查，了解受審核方的職業健康安全管理體系運行情況，以便為現場審核做準備。

　　(2)第一階段現場審核：第一階段現場審核的目的主要是3個：一是在文件審核的基礎上，通過了解現場情況收集充分的信息，確認體系實施和運行的基本情況和存在的問題，并確定第二階段現場審核的重點；二是確定進行第二階段現場審核的可行性和條件，即通過第一階段審核，審核組提出體系存在的問題，受審核方應按期進行整改，只有在整改完成以后，方可進行第二階段現場審核；三是現場對用人單位的管理權限、活動領域和限產區域等各個方面加以明確，以便確認前期雙方商定的審核范圍是否合理。

　　(3)第二階段現場審核：職業健康安全管理體系認證審核的主要內容是進行第二階段現場審核，其主要目的是證實受審核方實施了其職業健康安全管理方針、目標，并遵守了體系的各項相應程序；證實受審核方的職業健康安全管理體系符合相應審核標準的要求，并能夠實現其方針和目標。通過第二階段現場審核，審核組要對受審核方的職業健康安全管理體系能否通過現場審核作出結論。

　　4．糾正措施的跟蹤與驗證

　　現場審核的一個重要結果是發現受審核方的職業健康安全管理體系存在的不符合事項。對這些不符合項，受審核方應根據審核方的要求采取有效的糾正措施，制定糾正措施計劃，并在規定時間加以實施和完成。審核方應對其糾正措施的落實和有效性進行跟蹤驗證。

　　5．證后監督與復評

　　證后監督包括監督審核和管理，對監督審核和管理過程中發現的問題應及時處置，并在特殊情況下組織臨時性監督審核。獲證單位認證證書有效期為3年，有效期屆滿時，可通過復評，獲得再次認證。

　　(1)監督審核：監督審核是指認證機構對獲得認證的單位在證書有效期限內所進行的定期或不定期的審核。其目的是通過對獲證單位的職業健康安全管理體系的驗證，確保受審核方的職業健康安全管理體系持續地符合職業健康安全管理體系審核標準、體系文件以及法律、法規和其他要求，確保持續有效地實現既定的職業健康安全管理方針和目標，并有效運行，從而確認能否繼續持有和使用認證機構頒發的認證證書和認證標志。

　　(2)復評：獲證單位在認證證書有效期屆滿時，應重新提出認證申請，認證機構受理后，重新對用人單位進行的審核稱為復評。復評的目的是為了證實用人單位的職業健康安全管理體系持續滿足職業健康安全管理體系審核標準的要求，且職業健康安全管理體系得到了很好的實施和保持。