自然保護區(qū)評價的主要目的在于，一方面，為新建的自然保護區(qū)選擇地點及確定其分類性質和所屬級別，尋找客觀的根據和標準，比如通過評價判斷其適合建立哪種類型的自然保護區(qū)；另一方面是加強對已建好自然保護區(qū)的監(jiān)督與檢查，提高建設質量和管理水平。

　　一般而言，對自然保護區(qū)的評價可從生態(tài)學、經濟學和保護區(qū)本身有效管理水平來進行。
　　生態(tài)評價主要包括:
　　1.生物物種的評價。2.生物群落評價。3.生態(tài)系統(tǒng)和自然保護區(qū)的評價。
　　經濟評價主要包括:1.水資源。多數保護區(qū)在涵養(yǎng)水源方面具有重要作用，包括直接用于飲水、灌溉、發(fā)電、發(fā)展?jié)O業(yè)、工業(yè)和免受水旱災害影響造成的損失與維護水利設施的作用。因此，可通過計算保護區(qū)內可能貯存多少水量和可利用數量評價其實際價值。2.物種及其基因資源。自然保護區(qū)是物種及其基因資源的寶庫，有許多種類可能在食用、藥用、工農業(yè)原料、遺傳材料和美化環(huán)境等方面有著巨大的潛在作用。3.生態(tài)功能效益。表現在區(qū)域氣候調節(jié)、水源涵養(yǎng)、水土保持、旅游資源等方面。4.科研、文化和教育。自然保護區(qū)大多是科研、教育和文化創(chuàng)作的基地。
　　保護區(qū)有效管理水平評價主要包括:1.管理條件的評價。2.管理措施的評價。3.科研基礎評價。